illumina

• microarray alaninda unlu bir firmadir.
• caroline thureau isminde, elisha cuthbert görünümlü şirin mi şirin ürün menajerine sahip tıbbi teknoloji firması. türkiye distribütörü incekaralar grubudur.
  
  edit: imla
• 512 gram/m2'a kadar çok çeşitli kağıt ve malzemelere baskı yapabilen bir dijital baskı makinesi.
  
  edit: yeni modeli artık 650 grama da baskı yapabiliyor.
• isimleri dizileme teknolojilerinin temelini oluşturan bir nitelik olan 'luminescence'tan gelir.
  
  roche/454'un makul bir kalite ile üretebildiği 450-500 nükleotit uzunluğundaki dna verileri ile eşsiz paired end teknolojisi ve muazzam derecede yüksek veri miktarı ile rekabet eder. yakında çok daha ucuz bir alternatif olan ve paired-end imkanı sağlayacak olan ion-torrent'in performansı herkes tarafından merak ediliyor (söylenenlere göre illumina'nın yirmide biri fiyatına gerçekleştirilecek deneylerde lane başına 200.000 civarında, 200x200 paired-end dna dizilimi elde etmek mümkün olacakmış).
  
  şu sıralar illumina ile üzerinde 8 lane olan plate'ler kullanılıyor. 1 lane'den 100 nükleotid uzunluğunda 60-70 milyon civarında dna dizilimi elde etmek mümkün. insanın ağzına sıçıyor bu kadar veri ile başa çıkmak. yani 70 milyon satırlık bir dosya var elinde, nereden başlayacaksın.
  
  uzun süre roche/454 verisi ile çalıştıktan sonra yaklaşık 2 aydır illumina verisi ile metagenomics çalışmaya başladım. illumina ile ilgili duygularımı tam olarak anlatmam mümkün değil. bununla beraber bu konuda lab'daki diğer tiplere vereceğim küçük bir seminer için el emeği göz nuru hazırladığım açılış slaydının epey açıklayıcı olduğunu düşünüyorum: http://i.imgur.com/inkvx.jpg
• roche tarafından ısrarla satın alınmak isteniyor. (bkz: hostile takeover)
  ocakta verilen hisse başına $44.5'luk teklifi $51'e çekmişler. 6.5 milyar dolarlık bir değerleme demek oluyor bu illumina için.
  
  http://online.wsj.com/…e/bt-co-20120329-705105.html
• (bkz: dişi illuminati)
• özellikle insanların acılı oldukları günlerde yeni bir ekol oluşturabilecek çapta teoriler üretmeyi seven yazar. doğrulanabilirliği veya yanlışlanabilirliği bir yana böyle bir günde nasıl bu denli vicdansızlık seviyesine ulaşabiliyor merak ediyorum. 19 yaşında kanser hastası olan bir gencin bunu prim kasmak için kullandığını iddia edebilecek haysiyette bir fav alma kitlesine sahip olduğundan dolayı birinin ölümü üzerinden beğeni kasma emeli olduğunu da rahatlıkla iddia edebilirim. umarım mutludur.
• bu kadar bilgiyle donanmış bir insanı okurken birden kadın olmayı eline gözüne bulaştırarak aşağılayan bir entry'e gelmek şaşkınlık verici. bu nefreti kadın okuyucularını kaybetmeden kusabilirdi ama tercih ettiği rezilliğe bakın. ne giyeceğine karar vermekte zorlanıyormuş da, trafikte kararsızlığa yer yokmuş da... teşekkürler illumination.
  
  kendine kedi tekir kadar güvenmeyen, dezavantajları aptal bahaneler olarak kullanan kadınları yerecek binlerce şeyden birine rastlayıp kaba olan biri için ikiyüzlülükle okumaya devam edecekken denk geldiğim çöp entry'e bakar mısınız?
  
  trafik. trafik.
  
  trafik.
• 2004 yılında ngs (next generation sequencing) ile 2 haftadan kısa bir sürede 1000 dolara insan genomu sekanslanabilir hale geldi. en çok kullanılan 2. jenerasyon sekanslama illumina'dır. bundan önce; sanger temelli, çok çetrefilli ve maliyetli human genome project 12-13 yıl sürmüştü (craig venter'in, yine sanger temelli ama clone by clone'a göre daha hızlı olan shotgun sequencing yöntemiyle konsorsiyuma dahil olmasına rağmen). harcanan milyarlarca doları da unutmayalım (1st gen. sonuçta). ama bunlar, gelecekte geliştirilecek yeni sekanslama teknolojilerinin önünü açmış oldu çünkü o kapı bir kez aralandı. does it matter? yani, artık sadece 3 günde (insan için) herhangi bir canlının tüm genomu sekanslanabilir hale geldi, daha ne olsun? ne olursa olsun frederick sanger'in geliştirdiği ve sanger sequencing adı verilen yöntem -görece- küçük dna fragmentleri için hala altın standart olarak kabul ediliyor.
  
  illumina'ya dönelim tekrar ama kabaca. bu yöntemde dna, restriksiyon endonükleazlarla (dna'yı anahtar kilit uyumu ile ^* kendisine göre belirli ama bize göre “tam olarak belirli olmayan” yerlerden kesen enzim) rastgele parçalara ayrılır ve dna kütüphanesi (dna library) oluşturulur. sonra bu örnekler çoğaltılır (pcr). daha sonra sekanslama reaksiyonuna geçilir ve en son data analizi yapılır.
  
  dna rastgele parçalara ayrılır dedik. şimdi burada çok önemli bir sistem devreye giriyor ve bence çok zekice: adaptör diziler. dizisini bildiğimiz inanılmaz derecede fazla miktardaki oligonükleotit adaptörü immobilize halde flow cell adı verilen bir yüzeyde kendisine komplementer dna'ları bekler. “ee nasıl komplementer olacaklar?” evet, parçaladığımız dna'ların her iki ucuna da immobilize bölgelere komplementer adaptör diziler ligasyon ile eklenir. sonrasında bu dna'lar denatüre edilerek flow cell'e aktarılırlar. dna parçaları kendilerine komplementer olan oligolara bağlanır (oligo-adaptör hibridizasyonu). sonuçta dna kütüphanesi oluşturduk bu aşamada. ikinci aşamada ise (pcr ya da cluster generation aşaması) dna'nın açıkta kalan ucu hemen yanındaki immobilize komplementere bağlanır (çünkü çok fazla var demiştim ve çok sıklar, ayrıca oligoların aynı olduğunu söylememe gerek yok herhalde. reverse-forward'ı karıştırmayalım şimdi, bilenler ne demek istediğimi anlamıştır. pcr anlatmaya başlarsam çok uzun sürer). iki ucu da oligoya bağlanan adaptörler -kafanızda canlanması için söylüyorum- köprüye benzer. artık ortamda bulunan dna polimerazlar ve dntp'ler ile dna'nın uzaması sağlanır. bu işlem tekrar tekrar 35 kere yapılır. yani dna parçalarının milyonlarca kopyası elde edilir (klasik pcr sonucu ama farklı bir sürü gen dizisi var bu sefer). bu kopyalara cluster generation denir. sonrasında sekanslama aşamasına geçilir. bunun için sanger'den farklı olarak ddntp'lerin manipüle edilmiş hali kullanılır. bu ddntp'lerin 3'oh grubu vardır ama bloke edilmiş haldedir (yani yeni bir nükleotit eklenemez halde). dna polimerazın eklediği 4 farklı nükleotit de farklı bir floresan ışıması gösterir ve cihaz bunu okur. her floresan okuması sonrası sistem yıkanır, yıkanan sistemde 3'oh bloku kalkar ve dna pol. buraya nükleotit eklemeye devam eder ve sistem tekrar durur, yıkanır, tekrar devam eder. daha sonra, okunan sekansların referans genomla overlap eden bölgeleri ai yardımıyla bilgisayar ortamında bir araya getirilerek tüm genom sekanslanmış olur.
  
  not: ddntp'nin sanger versiyonunda, ddntp ve dntp beraber kullanılır (1 birim ddntp/100 birim dntp) ve sitem ddntp'ye geldiğinde durur ve ışıma yapar. sen 4 nükleotit için de bunu ayrı ayrı yaparsan ışımanın olduğu yerde hangi nükleotitin olduğunu bulabilirsin. ve bir sürü kopya olduğu için her bir nükleotit kuyusunda tüm ihtimalleri jelde alt alta görebiliriz. (yani bu dna parçalarının hangi sırada olduğunu belirlemek için jelde yürütüyoruz.) ve ve ve en alttan -yani jelde birim zamanda daha çok yol alan küçük parçanın bize verdiği bilgilerden- başlayarak en büyük dna parçasına doğru gidiyoruz, örn; acgtaag gibi sıralıyoruz ve elimizde sekansını merak ettiğimiz dna parçasının komplementeri var. güle güle kullanalım. ^*
• film eleştirilerini okumayı çok seviyorum, 90'li yıllarda sinema dergisi okurken aldığım duyguları yaşatıyor.bilgili, donanımlı ve kalemi güçlü bir yazar.